Omegagene

Omegagene は、 静電相互作用に対する非Ewaldスキームを使用してる 強化された構造サンプリング法に特化した分子動力学（MD）シミュレーションエンジンです。 V-McMD（バーチャルシステム結合型マルチカノニカルMD） 法を採用し、マルチプロセス並列実行を複数の独立した実行に置き換えて、 ノード間通信のオーバーヘッドを回避します。さらに、Omegagene は、 静電相互作用を処理するために非Ewald法に基づくの ZMM法を採用しており、 フーリエ空間での計算を完全に排除することが可能です。